1998年底，马云决定离开外经贸部，1999年3月10日，阿里巴巴公司在杭州马云家中成立，开创了中国电子商务的新时代。
马云成了一台宣传机器，不停息地在空中飞行：一月内去3趟欧洲，一周内跑7个国家。他每到一地，总是不停地演讲，他在BBC做现场直播演讲，在哈佛大学、麻省理工学院、夭顿商学院演讲，在“世界经济论坛”演讲，在亚洲商业协会演讲......很快，马云和阿里巴巴公司在欧美名声日隆来自国外的点击率和会员呈暴涨之势。
1999年10月30日，马云与软银公司老总孙正义见面，马云刚讲了6分钟自己公司的目标，孙正义就决定为阿里巴巴公司投资2000万美元。后来有人问孙正义为什么这么快就决定这么大的一笔投资，他说“马云的执著感染了我。一说话，人就像燃起了大火，我相信他能让我的投资有很好的回报。”
马云以疯子一样的幻想、傻子一样的投入和执著，书写了阿里巴巴公司的神话，让人惊奇和钦佩。
培育市场，打造最有信誉的网络交易平台
阿里巴巴公司获得国际风险资金投入后，马云以“东方智慧，西方运作，全球大市场”的经营管理理念，迅速招揽国际人才，全力开拓国际市场，同时培育国内电子商务市场，为中国企业尤其是中小企业构建一个完善的电子商务平台。马云生长在私营中小企业发达的浙江，了解中小企业的困境和他们需要什么。除此之外。他考虑：亚洲是全球最大的出口供应商基地，中小型供应商密集，但众多的小出口商由于渠道不畅，被大贸易公司控制，因为大企业有自己专门的信息渠道，有巨额广告费，小企业拿不出这笔钱，它们最需要互联网，因为只要这些小公司上了阿里巴巴网，就可以轻易地把信息传遍全世界，在世界范围内做买卖。就些小企业，都是阿里巴巴公司的潜在客户。马云在为员工描绘未来的远景时，感叹地说：“大家想想，这是多大的数字啊！我们用阿里巴巴网站这个平台，将众多分散的小企业联合起来，组成一个巨大的航空母舰，这样它们就不怕市场上的狂风大浪了。为需要它们产品的人服务，也帮助这些小企业赚钱。我们开创的是功德无量的事业啊！”
他们以注册会员的方式扩大网站的用户，由于他们宣传力度大，措施得当，尤其是马云，成了一个非快旋转的陀螺，四出游说，频频飞赴世界各地，挖掘用户。很多外国人都记住了他这个不大的脸上几乎被一对猎鹰一样的大眼睛占满的中国人。一次在美国机场，一个美国人走过来，连连喊者：“马云，阿里巴巴......马云,阿里巴巴...”和他热情地握手，向他跷大拇指。
在为企业做广告业务时，有的广告业务员提出要回扣，但马云一听就发火了：“我最厌恶腐败，我们的公司绝对不能给搞腐败的人提供一丝一毫的机会。广告可以不做，但回扣一分钱也不会给！”有人担心这样一来广告业务会急剧减少，马云说：“暂时可能会降一点，但以后会升上来的，不仅升到现在的水平，而且会更加扩大。因为企业的老总听说了我们不给业务员回扣，就会指定业务员到我们这里来。我们讲诚信不仅不会吃亏，还会赢得用户，你们就看者吧。”一段时间之后，果然像他预言的那样，广告业务急剧增多了起来。
这样一来，阿里巴巴公司的知名度大增，会员业务也开展得有声有色，取得了骄人的业绩。到2000年12月，阿里巴巴网站就汇聚了来自202个国家和地区的46万注册会员，每天发布2500条商业供求信息，成为全球国际贸易领域内最大、最活跃的网上市场和商人社区。也成为了美洲、欧洲一些国家和地区的政府部门及民间机构向本地区企业推荐的国际商务站点。到了2001年12月27日，阿里巴巴的会员便突破了100万，实现盈利。这不仅证明阿里巴巴取了成功，而且在网上培育出了一个广阔的市场。
这时的马云，并没有被胜利冲昏头脑，而是考虑到了网上交易最关键的问题：安全和诚信。会员多了。交易量大了，使得解决安全和诚信问题更为迫切。经过研究，阿里巴巴公司于2002年3月1日推出了名为“诚信通”的新型服务。会员必须经过诚信审查：即第三方认证机构对被认证公司是否合法进行调查，调查被认证公司是否合法存在以及该企业的资产、信誉、企业荣誉等等。通过这样的调查，出具认证证书，阿里巴巴公司再将会员活动记录、会员评价等资料发布在网上，一证明该会员企业的诚信资质，没有取得“诚信通”资格的会员被要求退会。通过这一措施，网上交易就安全多了，成交量也扩大多了。2002年末统计，“诚信通”的会员成交率从47%提高到72%，阿里巴巴网站成了最有信誉和效率的网络交易平台。2000年1月，中国互联网络大赛组织委员会将阿里巴巴网站评为商务类优秀网站。2000年6月获互联网周刊授予的2000年度中国百家优秀网站。2000年6月，美国权威财经杂志《福布斯》将阿里巴巴选为全球200家最佳网站之一。2000年11月，在《远东经济评论》杂志全球最佳商务网站的读者评选中，阿里巴巴荣列第一。
努力再努力：追求最好达到更好
在对事业的追求上，马云是个永远都不满足的人。
阿里巴巴的初步成功，在马云的眼里只是万里长征迈出的第一步。
在他的头脑里，还有着更远大的目标和更宏伟的计划。他对他的团队讲：“我们永远要追求最好，争取达到更好。我们阿里巴巴的员工，就要不停地向前冲。”
他号召员工要永远不停地学习。2001年秋天，公司内部创建了“阿里巴巴学院”，规定全体员工必须入校学习。学校不仅教授理论，还全面教授实际业务。更新知识结构，掌握实际经验，为公司将来的发展做准备。
2003年，马云就预言，全球互联网的竞争不仅会更加剧烈，而且会更加残酷，必将会有一个互相吞并整合的春秋战国时代。在这样时代要保证公司继续快速发展，公司的领导者必须要有远大的战略眼光和力挽狂澜的能力。于是他超前地与雅虎等国际大公司谈判，商讨合作事宜。终于在2005年8月11日与雅虎中国的资产，包括雅虎中国门户网站（wwwyahcm.cn）、3721、一搜、雅虎的搜索技术、通讯、广告业务，双方还将一拍在线拍卖业务（www.1pai.crn.cn）中雅虎的所有部分并入阿里巴巴。阿里巴巴公司还获得“雅虎”品牌在中国的无限期独家使用权。同时得到雅虎公司1亿美元投资，雅虎公司获得阿里巴巴公司40%股份。
这是一个双赢的收购，马云成功地进行了中国互联网企业的第一次全球化收购，使他的阿里巴巴公司迈上了一个更高的台阶。
在现在所具备的条件下，他已做到了最好。
